Une présence humaine est attestée à Bouillé-Saint-Paul depuis le paléolithique. Lors d'une campagne de fouilles archéologiques, Georges Germond a trouvé des bifaces que l’on nomme Gabbros. Des vestiges de mégalithes ont également été mis à jour au Champ-Brûlé. Le territoire était traversé par deux itinéraires : la voie romaine de Thouars à Vihiers, qui passait par le pont de Preuil et devant la croix de Fronteau ; et le chemin de Saint-Hilaire, d'Angers à Poitiers qui traversait le bourg de Bouillé-Saint-Paul et longeait la ferme de Château Gaillard. Enfin, lors de la reconstruction de l’église à la fin du 19e siècle, des sarcophages mérovingiens ont été découverts. Ces sarcophages viennent sans doute de Doué-la-Fontaine où une fabrique de sarcophage a été découverte à la fin du 20e siècle.

La plus vieille mention connue de la commune alors appelée Bulha-Sancti-Pauli date de 1326. Dans les archives de la Durbellière de 1368 elle est nommée Boullé Sainct-Pou, puis Boll-Sancti-Pauli en 1383. En 1647, le nom devient Saint-Paul-de-Bouillé pour finalement prendre, en 1690, la forme que l’on connaît aujourd'hui Bouillé-Saint-Paul. L’étymologie du nom de Bouillé-Saint-Paul vient du patron de la paroisse : saint Paul, et de Bouillé désignant la terre.

La châtellenie de Bouillé-Saint-Paul, faisant partie des Marches communes du Poitou et de l’Anjou s’étendait sur la commune actuelle. Elle possédait également la seigneurie de Rochefou à Cersay et de nombreux fiefs dans les paroisses avoisinantes : Massais, Cersay, Bouillé-Loretz, Saint-Pierre-à-Champ et Saint-Cyr-la-Lande, ainsi que le prieuré Saint-Michel de Thouars. Vassale des vicomtes de Thouars puis des ducs de la Trémoïlle, cette châtellenie était l’une des plus importantes du duché.

D’après la tradition orale, une motte castrale a été construite Champ des Grolles, situé en limite de Cersay, dans le nord-ouest de la commune de Bouillé-Saint-Paul. Dans le bois des Grolles, un monticule est toujours présent et bordé en partie de fossés. À côté, la parcelle nommée le champ de la Citadelle, pourrait faire référence à ce premier château de Bouillé-Saint-Paul. Hardouin de Grézille, premier possesseur connut de la seigneurie de Bouillé-Saint-Paul avant 1321, a peut-être vécu dans cette forteresse construite en dehors du bourg. Plus au sud, les ruines de forme circulaire observables à la ferme du Piedfereux pourraient correspondre à l’emplacement de la première demeure du seigneur de Bouillé-Saint-Paul.

La châtellenie a appartenu à plusieurs familles, dont les Fleury à partir de 1321 puis les Grossin à partir de 1447. La seigneurie est ensuite rachetée plusieurs fois à partir de 1605 et ce jusqu’à la révolution.

Outre la ferme de la Cour du château, la seigneurie possédait trois autres métairies. Celle de la Ménagerie, où se trouvaient une tuilerie et son four, aujourd’hui disparus. La seigneurie et la métairie de Serré construites près de l’actuel château, sont rachetées en 1628 par Louis de Lestoille, seigneur de Bouillé-Saint-Paul. La cure dépendait des seigneurs de Serré, fondateurs de l’église. Enfin, la métairie de Château-Gaillard appartenait à la châtellenie.

La commune possédait quatre chapelles. La chapelle Notre-Dame-de-Pierrois fondée en 1402 par le seigneur de Bouillé-Saint-Paul et la chapelle des Trépassés fondée à la fin du 16e siècle par Jeanne Germond étaient établies dans l’église paroissiale.Les deux autres chapelles étaient privées. La première située au hameau de Mibertin était dédiée à Saint-Avertin. Citée dans les textes depuis 1583, elle est représentée sur le cadastre napoléonien de 1814. Le seigneur du fief de Mibertin était également le collateur de la chapelle. En 1687, Jacques Herbert seigneur de Mibertin était également chevalier et possesseur du château de la Garenne. Enfin la chapelle domestique de Saint-Louis appartenant à la Métairie de Chaufour est mentionnée pour la première fois en 1595.

De nombreuses croix de chemin marquent les carrefours et les bords de chemins. La croix de Fronteau dont la particularité est d’être daté de 1645 est au cœur d’une légende. D’après celle-ci, la croix de Fronteau installée lors d’une nuit sans lune, elle servait de repère pour les voyageurs égarés.

Certains fiefs de Bouillé-Saint-Paul étaient indépendants de la châtellenie. La seigneurie de Chaufour connue depuis le 13e siècle et la seigneurie de Mibertin connue depuis le milieu du 16e siècle relevaient du comté de Passavant, aujourd’hui Passavant-sur-Layon. La seigneurie et le manoir du Terra appartenaient dès la fin du 15e siècle à la famille de Terves. L’abbaye de Chambon, aujourd’hui sur la commune de Mauzé-Thouarsais possédait des droits et des terres en la paroisse de Bouillé-Saint-paul, notamment le fief de Mienne.

Les moulins de Bouillé-Saint-Paul :

La vallée de l’Argenton, a permis la construction de deux moulins à eau. Le moulin de Chaufour relevant de la seigneurie de Chaufour, est devenu à sa vente en 1508 à Jean Baillargeau, le moulin de Baillargeau. En 1882, il est détruit lors d'un incendie. En aval, le moulin de Preuil dont la mention la plus ancienne remonte au 13e siècle lorsqu’il appartenait au seigneur du même nom. Ces deux moulins n’existent plus aujourd’hui. La plaine et les pentes vallonnées menant à l’Argenton, ont également permis la construction de trois moulins à vent. En 1368, le seigneur de Bouillé-Saint-Paul, Guillaume Fleury, autorise la construction d’un moulin à vent près du bourg. Dans un aveu rendu en 1643, il est dit que deux moulins à vent existent au bourg de Bouillé-Saint-Paul. L’État des moulins des Deux-Sèvres de 1809 relève que les deux moulins sont toujours en fonction. À la fin du 19e siècle, il ne reste plus que les ruines d’un des deux moulins. Le moulin à vent de Preuil, qui appartenait au moulin à eau du même nom, est également présent dans cet inventaire. Aujourd’hui sans toiture, il surplombe encore la vallée de l’Argenton entre les vignes.

Durant la Révolution, l’Assemblée constituante du 20 juin 1790 acta le changement de nom des communes dont le nom était assimilé à l’Ancien régime ou à la religion. Le nom de la commune se transforme en « Bourg l'Ormeau ». Cette nouvelle appellation impopulaire va vite est remplacée par le nom originel de Bouillé-Saint-Paul.

Au 19e siècle, la population augmente, les hameaux grossissent et de nouvelles fermes sont construites. La commune qui doit appliquer les réformes faites par l’État, va déplacer le cimetière en dehors du bourg et se doter trois écoles. Une école mixte est construite en 1865. Elle devient très vite insuffisante, et la commune décide de bâtir une école pour filles en 1882. L’ancienne école mixte devient alors Mairie et école de garçons. Une troisième école, cette fois-ci de hameau est construite en 1904 pour desservir la population des hameaux proches du village de Vraire.

À la fin du 19e siècle et plus précisément en 1898, la ligne de Tramways entre Bressuire et Montreuil-Bellay est construite. Elle traverse une partie de la commune de Bouillé-Saint-Paul pour se rendre dans les communes de Cersay et d’Argenton l’Église. Une halte est construite près du village de Vraire. Aujourd’hui cette ancienne ligne a été remplacée par la D 61.

Au début du 20e siècle, les musiciens locaux animaient des bals. Ceux-ci se déroulaient dans le bourg, au Moulin à eau de Preuil transformé en café, et également au hameau de Vraire.

Depuis la fin du 20e siècle, quelques nouvelles maisons ont été construites. Au hameau des Ménardières, une zone pavillonnaire a été créée, elle fait face à l'école communale. En 1998, le festival des arts de la rue "Bouillez" est créé, il anime chaque année le bourg de Bouillé-Saint-Paul.